马皇后做了十五年的皇后，于洪武十五年（公元1382年）病重，医治无效，群臣纷纷访求名医，督责医官，马皇后却很平静地对朱元璋说：“生死有命，祷祀何益？世有良医，亦不能起死回生。倘服药不效，罪及医生，转增妾过。”这种宁静安详而又慈悲的情怀使朱元璋及群臣大为感动。朱元璋问她有何遗言，马皇后说：“妾与陛下起自布衣，赖陛下神圣得为国母，志愿已足，尚有何言！妾殁之后，只愿陛下亲贤纳谏，如是而已。”言讫而逝，年五十一岁。马皇后的这番不是遗言的遗言，至为朴实而又至为深刻。自朱元璋及群臣百姓，闻马皇后死讯，无不恸哭。
是年九月，葬马皇后于孝陵，临葬风雨雷雹大作，朱元璋以为不吉之兆，愀然不乐。送葬僧人宗泐口宣一谒道：
雨落天垂泪，雷鸣地举哀。
西方诸佛子，同送马如来。
朱元璋听了，才转忧为喜。马皇后死后，宫中有很多追忆马皇后的歌谣，其一曰：“我后圣慈，化行家邦，抚我育我，怀德难忘。怀德难忘，于万斯年，毖彼下泉，悠悠苍天。”
【评议】
这里倒不是要为一位封建皇后树碑立传，而是因为马皇后在中国历史上确实是一个特例。她的特别之处主要表现在如下两个方面：一、品德端正，处事得当。马皇后身为郭子兴的义女，朱元璋的妻子，其地位与作用都十分微妙。如果她存有私心或是处事不当，极有可能导致郭子兴和朱元璋关系的破裂。如果真的出现了那种情况，不仅朱元璋当时死无葬身之地，就是对于郭子兴和农民起义军来说，也是一个极大的损失。马皇后能够以大局为重，不计较义父和丈夫一时的曲直得失，维护了他们的团结，发挥了朱元璋在农民起义军中的作用，为义军的胜利作出了杰出的贡献。二、马皇后既能辅佐朱元璋打天下，又能辅佐朱元璋治天下，如此善始善终，实属难能可贵。贫贱而不馁，富贵而不骄，这是中国传统的做人标准之一，在马皇后身上确实体现出来了。至于大和尚颂她为救苦救难的“马如来”，虽有过誉之嫌，也实在是不无道理。