学术界对施耐庵是否为《水浒传》作者的怀疑有其自身的原因。
《水浒传》是根据以往长期流行的宋江起义的民间故事，在说书人的“水浒故事”话本和元朝的《水浒》杂剧的基础上进行再创造而最终完成的。在这个由民间口头流传再到文人加工创造的漫长过程中，再加上在那个历史时代，很多作品上并不署上作者的名字，甚至并不署名。后世对施耐庵是否为《水浒》作者的怀疑正源于此。
有人提出了施耐庵并没有写过《水浒传》一书，《水浒传》的作者应该是罗贯中。罗贯中与施耐庵大致属同时代的人，也是一个大作家。考证罗贯中所作的《三遂平妖传》，其中二十一篇赞词中有十三篇直接被插入到《水浒》中，这足以说明《水浒》也是由罗贯中所作。
也有人认为《水浒传》是施耐庵和罗贯中合作共同写出的。他们查证说，在《忠义水浒传一百卷》上题有“施耐庵撰，罗贯中编次”。此外，在天都外臣作序的《水浒传》上也题署“施耐庵集传，罗贯中撰修”。这两个版本，一个是《水浒传》的祖本，一个是如今能见到的最早的《水浒传》的版本，其权威性是显然的，因此是可信的。