三个月后，八国联军攻克北京，慈禧太后带着光绪帝夹着尾巴往西边跑，整个北方只有袁世凯待过的山东划境自保，在义和团的兴起之地，既没有战争，也没有洋人被杀的事件。于是等到八国联军撤出北京后，慈禧太后下旨大肆诛杀义和团，袁世凯又立了一功。1901年11月7日，李鸿章去世，一代名臣撒手人寰之后，接手的人选只剩下了袁世凯。
就慈禧太后看来，袁世凯举报光绪帝，他忠诚；袁世凯镇压义和团，他能干。这一年袁世凯只有42岁，作为北洋大臣和直隶总督，毫无疑问他是最年轻的。看看袁世凯的三位前任混到这个职位时的年纪：荣禄62岁，李鸿章47岁，王文韶65岁。除了李鸿章，袁世凯都足够给另外两人当儿子了。
在赴任之前，袁世凯做了一件事，那就是给段祺瑞娶妻。吴氏去世以后，段祺瑞没有续弦，家里没有一个当家的女人终归说不过去，袁世凯就把自己的义女张佩蘅介绍给了段祺瑞。
张佩蘅是江西巡抚、都察院左副都御史张芾的孙女，家世自然比段祺瑞要好很多，但段祺瑞是青年才俊，前途不可限量，张家自然也乐得攀上新贵。
5月31日，段祺瑞正式迎娶张佩蘅，满朝权贵无不派人登门道贺，袁世凯更是亲自主持婚礼。