袁世凯给了章太炎一个总统府高等顾问的空衔，不久又委任其为东三省筹边使，调出北京。章太炎兴致勃勃地跑到东北去“兴办实业”。没有多久，宋教仁被刺，血的教训使他震醒起来，对袁世凯不信任了，但是依靠谁去对付这个掌握兵权的军阀呢？他想到的还是清朝旧军官、民国新军阀黎元洪，章太炎遂跑到武昌，去找这个清朝的湖北新军协统、当时的副总统，结果不得要领。于是由鄂赴京，由京来沪，而他早先提议在东北筹设实业银行的借款，财政部长梁士诒不肯盖章。章太炎“实业计划”落空，感到“大抵政府之与我辈，忌疾甚深，骂亦阻挠，不骂亦阻挠”，于是决计“辞差”，“奉身而退”[13]。
1913年7月，孙中山、黄兴举兵武力讨袁，章太炎却不信赖，说什么“讨袁者亦非其人”[14]。他既骂袁世凯“用心阴鸷，正与西太后大同”，又骂孙中山“与项城一丘之貉”[15]。“谓宜双退袁与孙、黄，改建贤哲，仆则承命”[16]。8月，“冒危入京师”，为袁世凯幽禁，直到1916年袁世凯死后才被释放。