袁世凯给了章太炎一个总统府高等顾问的空衔,不久又委任其为东三省筹边使,调出北京。章太炎兴致勃勃地跑到东北去“兴办实业”。没有多久,宋教仁被刺,血的教训使他震醒起来,对袁世凯不信任了,但是依靠谁去对付这个掌握兵权的军阀呢?他想到的还是清朝旧军官、民国新军阀黎元洪,章太炎遂跑到武昌,去找这个清朝的湖北新军协统、当时的副总统,结果不得要领。于是由鄂赴京,由京来沪,而他早先提议在东北筹设实业银行的借款,财政部长梁士诒不肯盖章。章太炎“实业计划”落空,感到“大抵政府之与我辈,忌疾甚深,骂亦阻挠,不骂亦阻挠”,于是决计“辞差”,“奉身而退”[13]。
1913年7月,孙中山、黄兴举兵武力讨袁,章太炎却不信赖,说什么“讨袁者亦非其人”[14]。他既骂袁世凯“用心阴鸷,正与西太后大同”,又骂孙中山“与项城一丘之貉”[15]。“谓宜双退袁与孙、黄,改建贤哲,仆则承命”[16]。8月,“冒危入京师”,为袁世凯幽禁,直到1916年袁世凯死后才被释放。