二、草案二次审议稿第二条对反间谍工作的原则作了规定，根据一些常委委员的意见，法律委员会经研究，并同有关部门沟通，建议修改为“反间谍工作坚持中央统一领导，坚持公开工作与秘密工作相结合、专门工作与群众路线相结合、积极防御、依法惩治的原则”。（草案建议表决稿第二条）
三、草案二次审议稿第四条第二款、第三款分别对各有关方面维护国家安全的义务作了规定。有些常委委员建议突出反间谍方面的要求，将其中“维护国家安全的义务”修改为“防范、制止间谍行为，维护国家安全的义务”，将“防范、制止危害国家安全的行为”修改为“防范、制止危害国家安全的间谍行为”。法律委员会经研究，建议采纳这一意见。（草案建议表决稿第四条）
四、草案二次审议稿第十条规定，国家安全机关的工作人员依法执行任务时，可以进入有关场所，查看、调阅有关的档案、资料、物品。有的常委委员建议，在可以进入有关场所后增加“单位”，并将“查看”“调阅”修改为“查阅”“调取”。法律委员会经研究，建议采纳这一意见。（草案建议表决稿第十条）
五、有的常委委员建议进一步充实有关保护公民权益的内容。法律委员会经研究，建议作以下修改：一是，增加规定，公民“因协助反间谍工作，本人或者其近亲属的人身安全面临危险的，可以向国家安全机关请求予以保护。国家安全机关应当会同有关部门依法采取保护措施”。二是，增加规定，国家安全机关工作人员“违反规定泄露国家秘密、商业秘密和个人隐私”构成犯罪的，依法追究刑事责任。（草案建议表决稿第二十条第二款、第三十七条）