1917年8月1日，冯国璋抵达北京，于当日前往东厂胡同会晤黎元洪。二人相见难免一番客套，冯国璋随即做出邀请黎元洪复任总统的姿态，黎元洪则表示冯国璋继任总统乃是众望所归，半个小时之后，冯国璋离开黎元洪的私邸。正式就任大总统之后，冯国璋委任张一麐为秘书长，师景云为侍从武官兼军事办公处处长，熊炳琦为侍从武官兼参谋长，张宗昌为侍从武官兼副官处处长，殷鸿寿为侍从武官兼执法处处长，侍从武官长为荫昌，总统府指挥使为徐邦杰。随后又请来王士珍和段祺瑞，表示“北洋三杰”要团结一心，从而重振北洋系的声势。
冯国璋宣称“北洋团结”，并且尽量顺从段祺瑞，但很快他就发现，府院之间的关系并非他所想的那么简单。不管是对德绝交还是对日借款，段祺瑞根本上都是为了实现他“武力统一”的宏图，再次组阁之后即准备发动对南作战。要对西南系的军阀作战，就必须要经过南北要冲江苏、江西和湖北，而这三块地盘都是直系的，冯国璋自不愿段祺瑞在他的地盘上打仗。当时南北战争的争夺主要集中在湖南，而湖南恰好与江西和湖北毗邻，段祺瑞派他的心腹“四大天王”之一的傅良佐督湘，冯国璋却不愿意在讨伐令上盖章，于是，外间就传言“段内阁对外宣而不战，对内战而不宣”。