四年后,两人位置刚好倒转。当时北京大学建校才18年(1898年京师大学堂建立),这所“皇家大学”官僚气和衙门气浓厚,教员多是官僚,他们不学无术,学生为了仕途,还是阿谀奉承。
陶希圣先生对那时的北大曾这样回忆:“民国初年,贵族子弟仍然不少,文科那边有一个学生坐自用人力车(洋车)来上课……两院一堂是八大胡同(当时的妓院集中地)受欢迎的重要的顾客。两院是国会的参众两院,一堂就是北京大学——京师大学堂。”
当时,北大的腐败名声,闻者众多,朋友们曾劝蔡元培不要去,担心他“进去了,若不能整顿,反于自己的名声有碍”,然而,他却已下定决心,他在给国外友人的信中这样说:“吾人苟切实从教育入手,未尝不可使吾国转危为安。而在国外所经营之教育,又似不及在国内之切实。”
事实上也是这样,他一直都希望“教育救国”,通过整顿教育达到改良社会的目的。他到任那天的情景,据当时正在北大上学的顾颉刚后来回忆:校工们在门口恭恭敬敬排队向他行礼,他却“脱下自己头上的礼帽,郑重其事地向校工们回鞠了一个躬,这就使校工和学生们大为惊讶”。