顺治帝知道郑成功不好对付，命令郑芝龙写信劝郑成功投降。郑成功很看不起卖主求荣的父亲和叔叔们，他表面上答应投降，实际上是想让清朝放松警惕。清政府封他为靖海将军，命令他驻扎在漳州、潮州、惠州和泉州4个地方。
·清设台湾府·
郑成功死后，其子郑经继续坚持抗清，并着力开发经营台湾。但随着时间的推移，清政府统治全国的局势已定，台湾也就失去了它作为抗清据点的意义。郑经死后，后继者已不再坚持抗清立场，但向清廷提出独立要求。
1683年，康熙派施琅率兵攻打台湾并占领了台湾，正式设台湾府。台湾府下辖三县，隶属福建。
郑成功将计就计，在当地设立了自己的政权，遥奉桂王为主，并善待鲁王和明朝宗室。不久，他举起反清义旗，一直把势力延伸到了长江上游。清政府发现郑成功反叛后大怒，调动兵马前来围剿。但郑成功师出有名，得到了很多百姓的支持，打得清军抱头鼠窜。顺治帝命令郑亲王世子济度为定远大将军，率领大军讨伐郑成功，并把郑芝龙等人抓进了监狱。济度到达泉州后，劝郑成功投降，但郑成功不予理睬。顺治帝急红了眼，威胁说如果不投降就杀了他全家，但郑成功仍然不肯投降。