玄奘为了避开官府的盘查，不敢走大道，选择了难走的小路。从凉州来的两个僧人相继离开，虽然有个胡人答应与他同行，但是后来因为畏惧，在中途丢下玄奘回去了。玄奘只好一个人硬着头皮继续前行，他穿越了五个烽燧，进入了荒无人烟的大沙漠，在穿越中，他差点儿被卫兵射中。进入沙漠后，虽然没有了官兵的威胁，但是来自大自然的危险更加恐怖。遮天蔽日的大漠风沙不时从他身边裹挟而过，海市蜃楼犹如魑魅魍魉般冲击着玄奘的心理防线。雪上加霜的是，他不小心将水袋打翻了，水洒得一滴不剩。玄奘想到了退却，往回走了十多里，但是想到自己曾经立下过誓言，不到目的地情愿去死，于是又掉转马头，继续朝西而去。玄奘在沙漠里走了五天，没有喝一滴水，终于体力不支昏了过去。半夜的时候，一阵寒风把他吹醒，他挣扎着站起来继续前行，还好自己的马儿在附近找到了水，这才摆脱了困境，走出沙漠，到达西域的第一站伊吾。又过了数日，他来到了高昌国。
在高昌国内，玄奘再次遇到了阻挠。高昌国的国王听说玄奘到来，派遣使臣迎接他，并与玄奘结拜为兄弟，他希望用盛情将这位博学的僧人留在自己身边。但是玄奘的西行之心异常坚定，他用绝食来抗争，连续四天没有吃饭，身体非常虚弱。高昌国王见此情景，知道了玄奘的决心，同意放他走，并且提供了丰厚的物资。临行前，高昌国王要求他讲经一个月后才能走，还让他从印度返回路过，在高昌国留住三年，玄奘答应下来。因为高昌国王的支持，玄奘有了自己的西行队伍，总共三十人。但是在随后的一场大雪崩和高原反应中，很多人都不幸遇难，只剩下玄奘和其余两个弟子。