玄奘为了避开官府的盘查,不敢走大道,选择了难走的小路。从凉州来的两个僧人相继离开,虽然有个胡人答应与他同行,但是后来因为畏惧,在中途丢下玄奘回去了。玄奘只好一个人硬着头皮继续前行,他穿越了五个烽燧,进入了荒无人烟的大沙漠,在穿越中,他差点儿被卫兵射中。进入沙漠后,虽然没有了官兵的威胁,但是来自大自然的危险更加恐怖。遮天蔽日的大漠风沙不时从他身边裹挟而过,海市蜃楼犹如魑魅魍魉般冲击着玄奘的心理防线。雪上加霜的是,他不小心将水袋打翻了,水洒得一滴不剩。玄奘想到了退却,往回走了十多里,但是想到自己曾经立下过誓言,不到目的地情愿去死,于是又掉转马头,继续朝西而去。玄奘在沙漠里走了五天,没有喝一滴水,终于体力不支昏了过去。半夜的时候,一阵寒风把他吹醒,他挣扎着站起来继续前行,还好自己的马儿在附近找到了水,这才摆脱了困境,走出沙漠,到达西域的第一站伊吾。又过了数日,他来到了高昌国。
在高昌国内,玄奘再次遇到了阻挠。高昌国的国王听说玄奘到来,派遣使臣迎接他,并与玄奘结拜为兄弟,他希望用盛情将这位博学的僧人留在自己身边。但是玄奘的西行之心异常坚定,他用绝食来抗争,连续四天没有吃饭,身体非常虚弱。高昌国王见此情景,知道了玄奘的决心,同意放他走,并且提供了丰厚的物资。临行前,高昌国王要求他讲经一个月后才能走,还让他从印度返回路过,在高昌国留住三年,玄奘答应下来。因为高昌国王的支持,玄奘有了自己的西行队伍,总共三十人。但是在随后的一场大雪崩和高原反应中,很多人都不幸遇难,只剩下玄奘和其余两个弟子。